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La LPO est très active dans des projets de conservation et de protection de l’environnement. Elle met en œuvre 10 des 16 plans nationaux de restauration d’oiseaux parmi les plus menacés de France et coordonne des programmes européens (Life Nature) de sauvegarde d’espèces et de milieux menacés. Elle gère la réintroduction d’espèces menacées, comme les vautours fauves et moines dans les Grands Causses et les outardes canepetières en Poitou-Charentes. La LPO accueille chaque année des milliers d’oiseaux blessés, tombés du nid ou mazoutés dans ses 7 centres de sauvegarde. Avec son réseau de délégations, la LPO gère 26 réserves naturelles. La LPO propose aussi au grand public de mettre en place des refuges pour les oiseaux. En 2015, le réseau des Refuges LPO compte plus de 19.487 Refuges LPO. Elle a aussi des activités de sensibilisation du grand public, à travers des visites guidées, des conférences, des expositions, ses 30 sites internet, Fête de la nature, la Nuit de la chouette…, ainsi que par le biais de ses publications comme L’OISEAU Mag. En 2015, la LPO France estime avoir sensibilisé près de 372.108 personnes et mis en œuvre plus de 2000 activités.
La LPO est aussi très présente au sein des instances nationales de concertation et d’expertise. Par exemple, le président et une vice-présidente de la LPO siègent au Comité économique social et environnemental (CESE ), le président est membre de la Conférence nationale de la transition écologique (CNTE), la LPO participe au Conseil national de la protection de la nature (CNPN), etc. La LPO participe à plusieurs comités de pilotage nationaux, dont la Stratégie nationale pour la biodiversité (SNB ), Natura 2000, Éviter-Réduire-Compenser (ERC), le Groupe national pour les milieux humides et la Stratégie nationale de création d’aires protégées (SCAP).
Comme elle le fait remarquer, son action ne peut pas être réduite à la protection des oiseaux. La LPO mène en effet des campagnes avec d’autres associations écologistes, comme sur la loi OGM, en 2008, où elle avait fait ses propres propositions d’amendement avec la FNH et FNE, différentes de celles élaborées entre autres par la Confédération paysanne et Greenpeace. En 2009, en marge de sa campagne «Pesticides : des abeilles piquées au vif !», visant en particulier le Cruiser, la LPO a collaboré avec Agir pour l’environnement, Générations Futures et l’UNAF, pour lancer un comité de soutien des élus à l’abeille et à l’apiculture. En 2010, la LPO a poursuivi, en collaboration avec FNE, la Humanité & Biodiversité et la FNH ses actions de lobbying et de veille parlementaire, en se mobilisant par exemple sur la loi Grenelle 2, adoptée en juillet 2010. La LPO se félicite que sur les 373 amendements présentés par elle et ses partenaires, 85 ont été adoptés. En 2012, la LPO s’est engagée aux côtés de BirdLife Europe et de PAC 2013 «pour faire émerger une PAC (Politique Agricole Commune) plus juste, avec de véritables mesures de verdissement», lançant notamment une pétition sur ce sujet. Lors de la Conférence Environnementale de septembre 2012, la LPO était présente aux différentes tables-rondes (énergie, fiscalité, biodiversité, gouvernance), soutenant en particulier le projet de création d’une Agence nationale de la biodiversité. Dès 2013, la LPO a mis en œuvre son programme «Urbanisme, Bâti & Biodiversité» (U2B), pour «impliquer la biodiversité dans l’urbanisme». La LPO utilise l’arme judiciaire. En 2015, il y a eu 268 procédures judiciaires, 46% d’entre elles concernent des plaintes pour braconnage de passereaux protégés dans les Landes et 25% des procédures concernent des plaintes déposées dans le cadre de la veille internet du trafic de faune sauvage.
Pour mieux affirmer son côté généraliste, la LPO a décidé de développer pour 2012-2017 sept axes stratégiques nouveaux, parmi lesquels «Renforcement de la présence de la LPO sur le champ du respect du vivant et de la cause animale», «Évolution des actions de conservation vers les espaces pour répondre aux exigences de conservation des espèces» et «Extension du champ d’action de la LPO à la biodiversité». Concernant ce dernier axe, la LPO a mené des combats en 2015 en faveur des loups et des bouquetins. La LPO entend également «structurer une équipe opérationnelle d’actions militantes» et «développer l’action d’influence et le lobbying».