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Estimant ne pouvant pas changer les choses par des pétitions ou des campagnes de témoignages, la Sea Shepherd privilégie les actions directes. De 2006 à 2007, la SSCS a par exemple mené l’opération Leviathan afin d’intervenir contre les opérations illégales de chasse à la baleine par la flotte japonaise dans le Sanctuaire de baleines en Antarctique. Cette opération a été suivie par les opérations Migaloo, Musashi, Waltzing Matilda, qui se sont toutes déroulées an Antarctique de 2008 à 2010. De 2010 à 2011, il y a eu l’opération No Compromise, la septième campagne de défense des baleines de la SSCS. Durant l’été 2010, la SSCS a lancé l’opération BlueRage en défense du thon rouge en mer Méditerranée. La SSCS mène aussi régulièrement des actions aux îles Féroé pour défendre les globicéphales noirs. La SSCS mène des actions pour l’arrêt de la chasse aux dauphins au Japon ; pour la protection des îles Galápagos ; pour l’arrêt de la chasse aux phoques au Canada ; pour l’arrêt de la chasse aux requins. En décembre 2012, Sea Shepherd France rejoint une coalition de 13 ONG «pour faire cesser le commerce international de l’ours polaire». De mai à septembre 2013, Sea Shepherd France a mené l’Opération Gwelan Rescue pour protéger le goéland (gwelan en Breton). La SSCS, avec Ocean Alliance, a embarqué en juin 2014 pour le projet Opération Toxic Gulf 2014, une action commune «ayant pour but la recherche et la documentation des impacts dévastateurs et durables de la marée noire du Deepwater Horizon de BP sur la vie et les écosystèmes marins dans le golfe du Mexique». Fin août 2014, lors d’une opération aux Iles Féroé, 14 activistes de Sea Shepherd sont arrêtés et 3 bateaux de Sea Shepherd France saisis. En juillet 2015, Sea Shepherd a lancé l’Opération Mare Nostrum qui vise à dénoncer la pollution marine en Méditerranée. Dans ce cadre, plusieurs plongées ont été organisées pour ramasser des déchets qui tapissent les fonds marins, qui seront par la suite recyclés. En août 2015, Sea Shepherd France a organisé un rassemblement dans plusieurs villes françaises sous la bannière #StandUp250, en mémoire des centaines de dauphins tués aux îles Féroé.
L’association s’est beaucoup mobilisée avec une campagne «SOS, sauvez notre capitaine», suite à l’arrestation de leur leader à l’aéroport de Francfort-sur-le-Main le 13 mai 2012, suite à un mandat d’arrêt émis par le Costa Rica portant sur des faits datant de 2002. Paul Watson est en effet accusé d’avoir mis en danger un équipage de bateau lors d’une opération contre la chasse aux requins en 2002. Le 18 mai 2012, Paul Watson est libéré sous caution de 250.000 euros payés par Pierce Brosnan. Depuis le 22 juillet, Paul Watson est en cavale et Interpol a émis une notice rouge le concernant. Le 28 octobre 2013, il est retourné aux Etats-Unis pour témoigner au procès de Sea Shepherd concernant une de ces campagnes contre les baleiniers en Antarctique –à laquelle il avait participé malgré son exil. Début juillet 2014, il a quitté les Etats-Unis pour la France, où il a été accueilli par sa fidèle alliée Brigitte Bardot, à Saint-Tropez. Exilé depuis en France, Paul Watson a notamment rencontré José Bové et son ami Nicolas Hulot.
